TUGAS REVIEW JURNAL

-
RINGKASAN JURNAL

Judul               : Analisis Bioinformatika Berbasis WEB untuk Eksplorasi Enzim Kitosanase Berdasarkan Kemiripan Sekuens
Penulis             : V. Narita, A. L. Arum, S. Isnaeni M dan N. Y. Fawzya
Tahun              : 2012
Oleh                : Firda Nurdiana (26010216120018 / A / Akuakultur 2016)

Kitosanase adalah sekelompok enzim yang mencerna kitosan. Enzim ini berfungsi untuk menjaga keseimbangan karbon dan nitrogen di kitin yang terlarut di biomassa. Hal ini diketahui melalui analisis bioinformatika. Bioinformatik adalah gabungan ilmu biologi, komputer, informatika dan matematika yang saling berhubungan. Tujuannya memberikan pandangan baru dalam prespektif global untuk perkembangan bioteknologi. Analisis bioinformatika difokuskan pada tiga dataset yaitu urutan genom, struktur makromolekul dan percobaan genomik fungsional.
Analisis kitosanase berbasis filogeni yang dikembangkan adalah menggunakan gen 16S rRNA dari metagenomik menunjukkan bahwa salinitas merupakan penggerak untuk distribusi bakteri chitinolytic dan total komunitas bakteri di perairan. Gen chiA dari Aeromonas caviae mengkode kitosanase ekstraselular panjangnya 865 asam amino diketahui menunjukkan tingkat kesamaan mirip tinggi dengan kitosanase A Serratia marcesce. Sekuen bakteri penghasil kitosanase berasosiasi dengan udang Analisis dengan melakukan BLAST untuk nukleotida menggunakan database Reference Genomic Sequence, 16S Microbial tidak mengikutsertakan sampel model. Sekuen Gene Bank yang mirip dicirikan nilai Max Score dan Total Score sama, Query Coverage mendekati 100%, E-value mendekati 0 dan Max Ident mendekati 100%.

Hasil identifikasi filogeni (kekerabatan) 6 sampel 16S rRNA tidak identik dengan database di Gene Bank, namun mirip dengan 5 bakteri yaitu Micromonospora sp. L5, Aeromonas veronii B565, Staphylococcus epidermidis ATCC 12228, Burkholderia sp. JV3 dan Acinetobacter baumannii AB307-0294. Mikroba di Gene Bank memiliki gen penyandi kitinase, erat hubungannya dengan kitosanase. Hal ini dikarenakan persentase yang dapat diterima minimal 95%, kecuali sekuen yang bacaannya rendah minimal 75%. Ketidakhadiran gen kitosanase di genome mikroba diketahui bahwa bakteri tersebut baru belum tersekuen gen kitosanasenya. Hal ini memberikan peluang untuk eksplorasi dan publikasi sekuen ke Gene Bank dan menambah kepustakaan gen dunia.




Daftar Pustaka

Narita, V., A. L. Arum, S. Isnaeni M dan N. Y. Fawzya. 2012. Analisis Bioinformatika Berbasis WEB untuk Eksplorasi Enzim Kitosanase Berdasarkan Kemiripan Sekuens. Jurnal Al-Azhar Seri Sains dan Teknologi. 1(4):1-2.
Lebih lengkap dapat di Klik di bawah ini


https://drive.google.com/file/d/0B5m1pkvDuaVaUFBxMWZOZHlsMUk/view?usp=sharing

Komentar

Posting Komentar

Postingan populer dari blog ini

Bakteri Staphylococcus Aureus

-
Gambar
Bakteri Staphylococcus Aureus Staphylococcus aureus merupakan salah satu bakteri patogen penting yang berkaitan dengan virulensi toksin, invasif, dan ketahanan terhadap antibiotik. Bakteri S. aureus dapat menyebabkan terjadinya berbagai jenis infeksi mulai dari infeksi kulit ringan, keracunan makanan sampai dengan infeksi sistemik. Infeksi yang terjadi misalnya keracunan makanan karena Staphylococcus , salah satu jenis faktor virulensi yaitu Staphylococcus enterotoxin ( Ses ). Gejala keracunan makanan akibat Staphylococcus adalah kram perut, muntah-muntah yang kadang-kadang di ikuti oleh diare. Staphylococcus aureus adalah bakteri gram positif dengan diameter 0,5-1,0 mm, berbentuk serangkaian buah anggur, tidak membentuk spora dan tidak bergerak. Staphylococcus adalah bakteri berbentuk kokus, gram-positif dan memiliki diameter 0,5-1,0 mm, berkelompok, berpasangan dan kadang berantai pendek. (Karimela et al . 2017) Staphylococcus aureus termasuk dalam keluarga Mic...
Baca selengkapnya

Tugas Teknologi Informasi Data Ikan pada FISHBASE

-
Gambar
IKAN BANDENG ( Chanos chanos ) Klasifikasi Kingdom:Animalia Kelas:Actinopterygii Ordo:Gonorynchiformes Famili:Chanidae Genus:Chanos Spesies:C. chanos Morfologi Ikan bandeng (Chanos chanos) adalah ikan pangan populer di Asia Tenggara. Ikan ini merupakan satu-satunya spesies yang masih ada dalam suku Chanidae. Dalam bahasa Bugis dan Makassar dikenal sebagai ikan bolu, dan dalam bahasa Inggris (milkfish). Ikan bandeng ( C.chanos ) merupakan jenis ikan yang bertulang sejati ( gonorynchiformes ). Ikan bandeng berasal dari kata Chanos: Yunani, chanos, -osos, ous, dan chasma, -osos = jurang maut, mulut terbuka. Lingkungan / Iklim / jarak Ikan bandeng dapat hidup di dalam air laut, air tawar; maupun air payau. Ikan bandeng merupakan ikan yang hidup di daerah dasar atau demersal ( benthopelagis ) dan memiliki kebiasaan berpindah tempat atau amphidromous. Ikan bandeng dapat hidup pada kedalaman 1 - 30 meter dan biasanya ikan bandeng hidup pada kedalaman perair...
Baca selengkapnya

REVIEW JURNAL INTERNASIONAL SIG AKUAKULTUR

-
Tugas Teknologi Informasi tentang Review Jurnal Internasional Perbandingan Peluang Pengembangan Kepiting Dan Akuakultur Udang Di Barat Daya Bangladesh, Menggunakan Pemodelan GIS Di tulis oleh : M. Abdus Salam, Lindsay G. Ross , dan C.M. Malcolm Beveridgea Di review oleh : Firda Nurdiana 26010215120018 Akuakultur/A Sistem informasi geografis (SIG) adalah alat canggih yang mampu mengorganisir, menganalisis, dan menampilkan dataset spasial yang besar dan eksplisit. Sampai saat ini, GIS telah diterapkan regional, nasional atau sektoral tentang akuakultur di mana sumber daya manusia, lokasi spesifik, ekonomi, pasar dan sumber sosiokultural telah dipertimbangkan. Ada potensi yang cukup besar untuk budidaya udang di wilayah barat daya Bangladesh, India. Namun, pengelolaan sumber daya  akuatik di daerah tersebut belum sepenuhnya terintegrasi dengan ekonomi pedesaan dan dapat dikembangkan lebih lanjut untuk membantu memenuhi permintaan protein ikan di wilayah Indonesia. H...
Baca selengkapnya